Sở Công Thương Bến Tre được thành lập theo Quyết định số 671/QĐ-UBND ngày 09 tháng 4 năm 2008 của Ủy ban nhân dân tỉnh Bến Tre trên cơ sở hợp nhất Sở Công nghiệp với Sở Thương mại và Du lịch.
 
Sở Công Thương có chức năng tham mưu giúp Uỷ ban nhân dân tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về lĩnh vực công thương. Chức năng, nhiệm vụ của Sở Công Thương được quy định tại Quyết định số 25/2016//QĐ-UBND ngày 26 tháng 5 năm 2016 của Ủy ban nhân dân tỉnh Bến Tre về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Công Thương tỉnh Bến Tre;
 
Cơ cấu tổ chức gồm: Lãnh đạo Sở, Văn phòng Sở, Thanh tra Sở và 05 phòng chuyên môn nghiệp vụ: Phòng Quản lý Thương mại, Phòng Quản lý Công nghiệp, Phòng Quản lý Năng lượng, Phòng Kế hoạch - Tài chính - Tổng hợp, Phòng Kỹ thuật An toàn Môi trường. Và 01 đơn vị trực thuộc: Trung tâm Khuyến công và Xúc tiến Thương mại.
 
Tổ chức Đảng và các Đoàn thể: Đảng bộ Sở, Công đoàn cơ sở, Đoàn thanh niên.